Tú lo has dicho! regla + ibuprofeno + virus + agotamiento = hinchazón, retención... normal que hayas bajado poco. De hecho, lo suyo sería que incluso vieras más peso en la báscula. Date unos días de márgen y/o descanso, y verás como las cosas vuelven a su cauce. Y sobre todo, ánimate jolín! Ponte múscia que te levante el ánimo, date un caprichazo comprándote algo (qué tal la búsqueda de las nuevas zapas?), ve a la pelu, píntate las uñas, en vez de caca-cardio en el gym date un paseo por la playa (tú que la tienes a mano!)... no sé! El estado de ánimo es fundamental para continuar con la cabeza en su sitio.
Y sí, si te molesta la rodilla mejor no forzar. Vamos, no te estoy descubriendo nada que no sepas. Sueno a madre cansina: "descansa, ve al médico, blablabla" xD Una chica de mi gym tiene la rodilla izquierda hecha un cristo (no recuerdo el nombre de la lesión... pero es seria, tuvieron que operarla y todo) y entrena pierna, pero con mucha calma, sin cargar pesado, y siempre usando rodilleras de esas terapéuticas (de compresión). Yo sólo las he usado en marchas largas de montaña, para que no se me cargaran las rodillas en la bajada, y alivian muchisisisisimo, son una pasada! Es una de esas cosas que no está de más tener el cajón "por si acaso".
Un abrazo fuerte, reina